Wario va volando con su avioneta y tiene un accidente y se estrella en medio de la selva. En ella intentando salir descubrirá unas antiguas ruinas maya, se aventura a explorarlas y descubre un extraño y antiguo artefacto en ellas, dicho artefacto es una caja de música con un pequeño mundo dentro de ella. Cuando Wario la toca de repente es succionado dentro de ella. 

Una vez dentro se despierta dentro de un templo oscuro y se encuentra a una extraña figura en la pared que le habla y le dice que antiguamente fue un dios protector de ese mundo. Le dice a Wario que le ayude a encontrar 5 cajas musicales mágicas y a cambio él le promete que le ayudará a salir a su mundo y le permitirá llevarse todos los tesoros que el quiera.

Wario se adventurará en el mundo y en todos sus distintos escenarios hasta encontrar todas las cajas musicales.

Una vez conseguidas Wario volverá al templo y tocándolas todas a la vez romperá el sello del dios y aparecerá, pero este en vez de ser un dios protector resultará ser un payaso demoníaco y su única intención es la de apoderar el mundo de dentro de la caja de música, intentará matar a Wario pero tras un combate Wario logra derrotarlo.

Tras derrotarlo todos los monstruos contra los que ha peleado Wario vuelve a la normalidad y resultan ser humanos que había transformado el demonio en monstruos.

Tras esto los humanos ayudan a Wario a su mundo con todos los tesoros que le había prometido el malvado demonio.

El juego será la tercera parte de la saga de "Wario Land", la famosa saga de nintendo en la que controlamos al malvado archienemigo de mario, conocido como Wario.

El mundo de Wario land 3 se divide en 4 mundos, cada mundo tendrá entre 6 y 7 niveles jugables. Dichos mundos a su vez contendrán 4 finales distintos, lo que hará que da mundo será muy rejugable ya que para desbloquear cada final el jugador tendrá que explorar distintas zonas de los niveles.

Dentro de cada nivel el jugador se moverá de forma lateral, pudiendole también saltar para poder permitir a través de plataformas y/o escaleras al jugador avanzar de forma vertical por el mapa. También habrá puertas las cuales el jugador podrá atravesar para poder acceder a distintas salas. El nivel no contará con tiempo, por el que el jugador podrá permanecer todo el tiempo que quiera explorandolo hasta conseguir encontrar y alcanzar 1 de los finales.

Wario podrá saltar encima de los enemigos para dejarlos "Stuneados" y golpearle con un golpe de puño para matarlos, aunque no será necesario y estos enemigos reapareceran. Dichos enemigos podrán quemar, aplastar, congelar... a Wario, lo cual aunque sea perjudicial al jugador porque le atrasará, también podrá utilizarlos a su favor para poder avanzar por algunas zonas, como quemando algunos bloques o atravesando algunas zonas de pequeña altura por las que no podría pasar Wario en su estado normal.

Para conseguir superar el nivel Wario tendrá que conseguir 1 llave (Habiendo 4 distintas) y con dicha llave abrir el cofre al que pertenece, conseguiendo Wario poder robar el tesoro que contiene dicho cofre y superando el nivel.

El mundo también tendrá ciclo de día/noche, el cual cambiará cada vez que Wario supere un nivel, dichos ciclos afectaran directamente a cada nivel, haciendo que aparezcan nuevos enemigos o zonas que le sirva al jugador para superar distintos finales.

Los enemigos también soltarán Coins (monedas) al morir, dichas coins también las darán algunos bloques al morirlos, esas coins le servirán al jugador para participar en algunos Minijuegos.

También en cada nivel habrá 10 monedas grandes, las cuales los jugadores pueden obtener de forma opcional por si desean superar el nivel al 100%. Haciendo que haya más retos para los jugadores que lo deseen.

Tras la cinemática inicial el jugador aparecerá sobre el mapa del mundo donde podrá seleccionar los distintos mundos y acceder el nivel.

El primer mundo se encontrará en un bosque lleno de enemigos y dificultades.

Tenemos el mapa del juego, en el que movimiento al jugador podremos situarnos sobre los distintos mundos, y pulsando la tecla A podremos acceder a él.

Una vez entrado en el mundo, accederemos al nivel, en el que nos situamos en un bosque tétrico, nuestro objetivo será sortear todos los obstáculos y plataformas que nos encontramos hasta conseguir obtener la llave y encontrar el cofre para superar el nivel.

Una vez encontrada la primera llav (la llave plateada), que encontraremos en este primer nivel saltando sobre unas plataformas, si la tocamos la obtendremos.

En el nivel encontraremos una puerta, si el juegador se situa sobre ella y polsa en el botón de dirección hacia arriba podrá a entrar a otra sala.

En esta nueva sala encontraremos el cofre de plateado, como hemos obtenido la llave previamente podremos superar el nivel abriéndolo tocándolo, obteniendo con él un tesoro que nos desbloqueará nuestro próximo nivel.

Coins

Las coins se pueden obtener de romper bloques y de matar enemigos, dichas coins se guardarán y servirán para poder acceder al minujuego del "Mini Golf".

Monedas Grandes

Estas monedas encontraremos 10 por cada nivel, serviran como coleccionable por si el jugador quiere completar los niveles al 100% aunque no son necesarias de recolectar.

Wario

Wario, nuestro personaje principal.

Enemigo con pincho

Nuestro primer enemigo que nos encontramos es un enemigo con un pincho en la boca, este enemigo se moverá lateralmente y si nos toca con la parte delantera donde tiene el pincho aturdirá brevemente a Wario, para matarlo Wario tendrá que golpearle por el lado que no tiene el pincho, si le pisa encima lo dejará aturdido y no se moverá ni nos pinchará durante un breve periodo de tiempo.

Pájaro Carpintero

Este enemigo estará parado en una posición, y al estar frente a él volará a toda velocidad hacia nosotros, si nos da empujará hacia atrás a Wario y lo dejará aturdido brevemente. Wario puede optar por esquivarlo agachándose o saltando cuando venga hacia nosotros. También puede matarlo simplemente saltando sobre él.

Gusano de Seda

Este gusano se moverá lentamente de forma horizontal, cuando ve a Wario abrirá la boca y correrá hacia él, si da a Wario lo convertirá en una pelota de seda que lo lanzará rodando hacia la dirección contraria.

(Imagen conceptual de Wario convertido en pelota).

Totem

Este será el primer boss que debe enfrentarse Wario, se encuentra en otro nivel, nos lanzará martillos que si nos da nos transformará en un muelle y nos sacará de su sala, teniendo que repetirlo desde 0, para derrotarlo hay que golpearle 3 veces con el golpe del puño sobre los totems azules en los que se encuentra y finalmente golpeandole a él de la misma forma una vez haya caido del todo.

-Movimiento: Wario se podrá mover horizontalmente usando las teclas de izquierda o derecha. También podrá subir o bajar escaleras utilizando las teclas hacia arriba o abajo cuando se situe sobre ellas.

-Botón A: Al usarlo Wario saltará pudiendole moverse de forma vertical.

-Botón B: Al usarlo Wario cargará hacie enfrente golpeando con su puño, también correrá más mientras realiza la carga. También servirá para lanzar enemigos que haya agarrado, si mantiene pulsado el botón mientras mantiene los enemigos cargará para lanzarlos con más fuerza y rapidez de forma horizontal.

-Start: Este botón permitirá pausar el juego y abrir un menú para poder ver las monedas que Wario ha conseguido el nivel y le permitirá abandonar el nivel al jugador si lo desea.

El objetivo artístico es realizar un arte simple pero colorido. Debido a las limitaciones de la Game Boy color no se pueden hacer demasiados colores diferentes ni con muchos pixels.

La idea es hacer un arte cartoon y cómico, bastante rico en las animaciones de nuestro personaje principal Wario, con un estilo algo cómico y entretenido para el jugador.

Se deben de poder diferenciar claramente los escenarios del fondo, los obstáculos y plataformas, así como los enemigos y principalmente a nuestro personaje principal. Nuestro personaje Wario llevará ropa blanca y negra, por lo que en los escenarios estos colores no abundan, también los colores que tienen los enemigos son únicos, para que no se confundan con el resto del entorno. Con estos colores así como con las animaciones que tendrá tanto nuestro personaje como los enemigos se podrá diferenciar a simple vista fácilmente todo.

El empaquetado será colorido y resaltante, donde podremos ver en grande a nuestro personaje principal y el título de nuestro juego. Y dejando en el fondo el mundo de la caja de música. Contará con una caja de cartón y dentro un cartucho del juego también con su imagen.